Núi Rushmore là chủ đề gây tranh cãi giữa những người Mỹ bản địa tại Hoa Kỳ do Mỹ đã chiếm vùng đất này từ tay bộ lạc Lakota sau cuộc Đại chiến Sioux năm 1876. Hiệp ước Fort Laramie năm 1868 đã trao quyền quản lý vô thời hạn vùng Black Hills cho bộ lạc Lakota. Các thành viên thuộc Phong trào Người da đỏ châu Mỹ đã tiến hành chiếm giữ khu tưởng niệm vào năm 1971, gọi là chiến dịch "Ngựa núi giận dữ". Trong số những thành viên này là những nhà hoạt động trẻ tuổi, các vị bô lão, trẻ em và con người thần Thánh Gioan Fire Lame Deer, là người đã tổ chức một nhóm cầu nguyện trên đỉnh núi. Lame Deer yêu cầu nhóm người trên phủ một tấm vải liệm tượng trưng lên khuôn mặt các vị tổng thống, cho rằng "đó vẫn sẽ là hình tượng bẩn thỉu cho đến khi hiệp ước được thực thi".[20]

Năm 2004, người ta đã bổ nhiệm người quản lý bản địa đầu tiên cho công viên. Gerard Baker tuyên bố rằng ông sẽ mở thêm "nhiều hướng thông hiểu" và rằng bốn vị tổng thống "chỉ là một hướng với một mục tiêu mà thôi".[21]

Khu tưởng niệm Crazy Horse Memorial sẽ được xây dựng ở một nơi khác trong vùng Black Hills để tưởng nhớ một thủ lĩnh bản địa Mỹ nổi tiếng và cũng để hưởng ứng cho Núi Rushmore. Dự kiến công trình này sẽ lớn hơn công trình Núi Rushmore và nhận được sự hỗ trợ từ các tù trưởng bộ lạc Lakota; Quỹ Crazy Horse Memorial Foundation đã từ chối lời đề nghị hỗ trợ từ quỹ liên bang. Tuy nhiên, khu tưởng niệm này cũng là một chủ đề gây tranh cãi ngay cả trong cộng đồng dân bản địa Hoa Kỳ.[22]

Khu tưởng niệm này cũng gây tranh cãi do vài người viện cớ rằng cơ bản đây là một đề tài phân biệt chủng tộc được hợp pháp hóa theo ý tưởng của niềm tin Manifest Destiny (chiếm lĩnh lục địa Bắc Mỹ). Tác phẩm được Borglum lựa chọn để chạm khắc trên núi là bốn vị tổng thống đương quyền vào thời kỳ chiếm lĩnh đất đai của dân bản địa châu Mỹ. Chính Gutzon Borglum cũng hứng thú với cuộc tranh cãi này bởi vì ông là một thành viên tích cực của tổ chức white supremacist (ủng hộ học thuyết cho rằng người da trắng là ưu việt), tên là đảng Ku Klux Klan.[9][23]